Microbiote : que valent vraiment les tests et les compléments alimentaires ?

« Deuxième cerveau », « Meilleur allié de notre système immunitaire »… À mesure que les découvertes scientifiques révèlent son importance jusque-là insoupçonnée pour notre bien-être physique et mental, le microbiote intestinal suscite un intérêt croissant. Une aubaine pour certaines entreprises peu scrupuleuses, qui en profitent pour commercialiser des tests et des compléments alimentaires dont les bénéfices sont loin d’être démontrés.

À quoi sert le microbiote intestinal ? Qu’est-ce qui le fragilise, et à l’inverse, comment en prendre soin efficacement ? Canal Détox, le média de l’Inserm qui lutte contre la désinformation en santé, fait le tour de la question.

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Le microbiote désigne l’ensemble des micro-organismes, tels que les bactéries, les virus, les parasites et les champignons, qui évoluent dans un environnement donné. Le corps humain en abrite plusieurs : dans la peau, la bouche, le vagin ou encore les poumons. Mais le microbiote intestinal est de loin le plus dense, avec entre 10¹² et 10¹⁴ micro-organismes. Outre sa densité, c’est la diversité de ces microbiotes qui est importante : plus on a de bactéries différentes, plus elles pourront assurer des fonctions utiles à notre organisme.

Principalement logé dans l’intestin grêle et le côlon, le microbiote intestinal se répartit entre le conduit digestif et le mucus protecteur de la paroi intestinale. À titre de comparaison, l’estomac est un milieu bien plus pauvre en raison de sa forte acidité : on y trouve cent millions de fois moins de bactéries que dans le côlon.

Souvent surnommé le « deuxième cerveau », le microbiote intestinal n’influence pas que la digestion. De nombreuses études montrent désormais qu’il joue aussi un rôle important dans notre métabolisme, notre santé mentale et le fonctionnement de notre système immunitaire, comme le souligne un dossier d’information sur inserm.fr^[1].

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par l'Inserm.

En effet, certaines bactéries produisent des neurotransmetteurs comme la dopamine et la sérotonine, qui interagissent avec le cerveau via le système nerveux présent au niveau du tube digestif et peuvent affecter l’humeur et le bien-être. C’est pourquoi un déséquilibre de ces bactéries peut influencer l’anxiété, la dépression, les troubles bipolaires, ou encore des pathologies neurodégénératives telles qu’Alzheimer ou Parkinson.

Le microbiote empêche aussi l’implantation de bactéries nuisibles et « arme » à distance d’autres organes, comme les poumons, contre infections virales et bactériennes. Certaines bactéries intestinales produisent des métabolites indispensables au développement de globules blancs clés dans la défense immunitaire. Une altération du microbiote peut ainsi favoriser divers problèmes de santé, tels que les allergies, les maladies auto-immunes, ou encore des troubles digestifs.

C’est pourquoi le microbiote est devenu un objet de recherche incontournable pour les scientifiques du monde entier : l’Inserm pilote aux côtés de l’Inrae, le programme de recherche France 2030 Systèmes Alimentaires, Microbiomes et Santé (PEPR SAMS)^[2] qui vise à mieux comprendre cet écosystème. Parmi les principaux projets des scientifiques : développer une cartographie du microbiote de la population française^[3] en recueillant plusieurs milliers d’échantillons de selle, enquêter sur l’influence du microbiote intestinal dans la dépendance à l’alcool, ou encore mieux comprendre comment certaines altérations du microbiote peuvent accélérer la progression de certaines tumeurs^[4].

Qu’est-ce qui fragilise le microbiote intestinal ?

Le microbiote est fortement influencé par notre mode de vie et nos expériences. De nombreux facteurs peuvent ainsi conduire à une « dysbiose », autrement dit un déséquilibre de cet écosystème. C’est notamment le cas des antibiotiques qui, en ciblant les bactéries responsables d’infections, déciment aussi des bactéries bénéfiques pour l’organisme. Néanmoins, à l’arrêt de l’antibiotique, les bactéries très réduites en nombre vont se remultiplier. On parle de résilience du microbiote intestinal. En revanche, des cures d’antibiotiques répétées peuvent finir par faire disparaître totalement certaines bactéries.

Le stress peut également avoir un effet négatif sur le microbiote intestinal, en raison du lien étroit entre le système nerveux de l’intestin (appelé système nerveux entérique) et le cerveau. En effet, comme mentionné ci-dessus, les neurotransmetteurs produits dans l’intestin peuvent agir à distance par ce biais. Des connections nerveuses partent également du cerveau jusqu’à l’intestin, pouvant influencer par ce biais le microbiote intestinal.

Par ailleurs, une alimentation trop riche en sucres et en graisses saturées peut déséquilibrer la composition du microbiote en favorisant certaines bactéries au détriment d’autres, au risque d’en réduire la diversité.

Enfin, d’autres facteurs de risque ont été identifiés, tels que la sédentarité (une activité physique régulière favorisant au contraire une diversité accrue du microbiote), les infections gastro-intestinales, qui peuvent perturber temporairement l’équilibre du microbiote, ou encore certaines pathologies digestives inflammatoires, telles que le syndrome de l’intestin irritable ou la maladie de Crohn. Le projet de recherche SIM-IBD^[5], mené par des scientifiques de l’Inserm, a ainsi pour objectif de comprendre le fonctionnement du microbiote de l’intestin grêle, et son rôle dans le développement de ces maladies.

Les compléments alimentaires prébiotiques et probiotiques sont-ils bons pour tout le monde ?

Il existe deux approches visant à rééquilibrer le microbiote intestinal : les prébiotiques, destinés à nourrir certaines bactéries déjà présentes dans le microbiote, et les probiotiques, censés en apporter de nouvelles.

Ces produits sont considérés comme des compléments alimentaires, et non comme des médicaments. Ils ne sont donc pas soumis aux mêmes obligations d’essais cliniques rigoureux avant d’être commercialisés, ce qui signifie qu’aucune donnée solide ne permet, à ce jour, d’établir leur efficacité.

De plus, les compléments alimentaires destinés à « rééquilibrer » le microbiote intestinal n’ont pas les mêmes effets chez tous les individus, et peuvent même produire l’inverse de celui recherché, comme le soulignent entre autres deux études parues en 2018 dans la prestigieuse revue scientifique Cell.

Dans ces deux expériences, les participants ont d’abord reçu un traitement antibiotique, qui a fortement perturbé leur microbiote intestinal. Ils ont ensuite pris un mélange de 11 souches de probiotiques, censé accélérer sa reconstitution.

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La première étude^[6] montre que la réaction varie fortement d’une personne à l’autre : chez certains, les bactéries probiotiques colonisent l’intestin, tandis que chez d’autres, elles sont totalement rejetées.

La seconde^[7] suggère que ce mélange de probiotiques a tendance à ralentir la reconstitution naturelle du microbiote (au lieu de l’accélérer), avec des retards allant de quelques jours à plusieurs semaines selon les individus.

D’autres travaux ont également souligné certains risques : une étude^[8] menée par des scientifiques de l’Inserm suggère qu’une souche prescrite depuis longtemps contre les troubles digestifs , la bactérie E. coli « Nissle 1917 », produit une molécule pouvant endommager l’ADN et constituer un risque théorique de cancer colorectal, bien que ce risque n’ait pas été observé chez l’humain. Par ailleurs, l’essai Propatria, dont les résultats ont été publié dans The Lancet^[9], a montré que certains probiotiques pouvaient augmenter la mortalité chez des patients souffrant de pancréatite aiguë sévère, soulignant que les effets des probiotiques peuvent varier selon le contexte clinique.

Enfin, les informations concernant la sécurité de ces produits sont encore limitées. Une revue de la littérature scientifique^[10] menée par des scientifiques de l’Inserm a analysé 384 essais cliniques sur les probiotiques, prébiotiques et symbiotiques. Résultat : seulement 2 % des essais décrivaient de manière détaillée les effets indésirables, ce qui rend difficile d’évaluer leur sécurité de façon fiable.

Est-ce que cela sert à quelque chose de faire analyser son microbiote intestinal ?

Depuis quelques années, des laboratoires proposent des tests du microbiote intestinal à partir d’un échantillon de selles. Mais leurs résultats sont peu fiables, c’est pourquoi de nombreux médecins les déconseillent^[11] formellement.

Dans le cadre d’une étude, des scientifiques ont envoyé le même échantillon de selles à plusieurs laboratoires proposant des analyses. Les résultats, publiés fin 2024 dans la revue Microbiome^[12], montrent de fortes divergences selon l’entreprise consultée. La diversité bactérienne, un indicateur clé de la santé intestinale, a été jugée « excellente » par un laboratoire, « défavorable » par un autre, et simplement « moyenne » par deux autres.

Plus inquiétant, certaines entreprises faisaient états dans leurs analyses des risques sérieux, tels que les cancer, maladies neurodégénératives, syndrome du côlon irritable, dépression… sur la seule base de la présence ou non de certaines bactéries, alors que la littérature scientifique actuelle ne permet absolument pas de tirer de telles conclusions individuelles.

Pour rappel, il n’existe à ce jour aucun seuil clairement défini pour déterminer un microbiote sain ou déséquilibré : la variabilité du microbiote intestinal est telle que ce qui correspond à un déséquilibre chez un individu peut être parfaitement normal chez un autre.

En bref, que faut-il retenir ?

Longtemps sous-estimé, le microbiote intestinal est désormais reconnu comme un acteur clé de notre bien-être physique et mental. La meilleure façon d’en prendre soin reste d’adopter des habitudes de vie favorables à son équilibre.

Une alimentation variée, riche en fibres (présentes dans les fruits, légumes et céréales complètes) favorise la présence de bactéries bénéfiques, tout comme la consommation d’aliments fermentés tels que les yaourts, la choucroute, le kimchi, le kéfir ou le kombucha. À l’inverse, une consommation élevée d’aliments ultra-transformés et riches en sucres et additifs alimentaires encourage la prolifération de bactéries moins favorables à l’équilibre intestinal. Enfin, une activité physique régulière est associée à une plus grande diversité du microbiote, tandis qu’un usage raisonné des antibiotiques permet de limiter les perturbations de cet écosystème fragile.

Avant de chercher à « rééquilibrer » son microbiote intestinal à coups de gélules ou d’analyses coûteuses, mieux vaut s’appuyer sur des recommandations de santé publique dont l’efficacité est, elle, solidement démontrée !