L'auto-détermination, le droit de prendre sa propre décision, est un principe de base en bio-éthique, qui avec les principes de bienfaisance, de non-nuisance et de justice préside aux actions et décisions en médecine et en santé publique. Respecter l'autonomie d'un individu signifie respecter la personnalité et la dignité de toutes les personnes, dont l'approbation consciente basée sur une information fondamentale (consentement éclairé) est une condition pour tout traitement médical ou toute recherche (y compris la recherche épidémiologique). L'autonomie est également un important principe de santé publique et de promotion de la santé (p. ex. vaccination, droit et capacité d'améliorer son mode de vie, participation dans les politiques de santé, etc.) Pour les personnes incapables de prendre une décision (en cas de coma ou de démence p.ex.), des règles de procuration sont requises. Précédemment, l'autonomie était basée principalement sur la raison humaine. Aujourd'hui il apparaît plus clairement que les expériences émotionnelles, les relations sociales et la situation économique influencent aussi l'autonomie. En bioéthique et en santé publique, le terme « autonomie » est utilisé d'une manière considérablement plus complexe que dans la tradition philosophique européenne. Dans le contexte de la réadaptation, l'autonomie signifie également la capacité de vivre de manière indépendante dans une communauté.