Certains symptômes de l'endométriose sont plus rarement observés que les douleurs menstruelles ou l'infertilité.
Ces symptômes rares apparaissent lorsque les lésions se fixent sur certains organes, par exemple l'utérus (adénomyose), l'intestin (endométriose colorectale) ou la paroi de l'abdomen (endométriose pariétale). Dans de rares cas, ces lésions peuvent toucher des organes localisés à distance de l’abdomen, par exemple les poumons ou le cerveau.